In oktober/november 2001 en in april 2002 werd door TNO-MEP in opdracht van Rijkswaterstaat Directie Noord-Holland een aantal locaties bemonsterd in het Noordzeekanaal. De faunamonsters werden ter determinatie aangeboden aan Bureau Waardenburg, die op haar beurt ecosub verzocht om het macrobenthos te analyseren.
Omdat zich aan de bodem van het Noordzeekanaal relatief zout water bevindt bestond de fauna uit zowel mariene als brakwater-organismen. In de monsters werden 71 verschillende soorten ongewervelde dieren aangetroffen waarvan de helft nog niet in eerdere inventarisaties werd genoemd. Als bijzonderheid kan een nieuwe soort platworm worden genoemd die momenteel wordt beschreven. Opvallend was ook dat in het Binnenspuikanaal het vlokreeftje Melita nitida een van de meest algemene kreeftachtigen was. Deze soort is pas bekend van Europa sinds 1998.