Enkele organisaties waarmee ecosub in de loop der tijd heeft samengewerkt:
AquaTerra
Ecostat
Koninklijk Nederlands Instituut voor onderzoek der Zee NIOZ
Nederlands Instituut voor Toegepaste Geowetenschappen NITG TNO
Bureau Waardenburg bv
KEMA Power Generation & Sustainables
TNO-MEP (Milieu, Energie en Procesinnovatie)